El Instituto del Bien Común (IBC) desarrolla programas en la Amazonía peruana, en las regiones de Pasco, Ucayali, Huánuco y Loreto.  Los programas del IBC se refieren principalmente a la gestión óptima de grandes paisajes, para lo cual promueven la adopción de políticas municipales y regionales de conservación y uso sostenible de recursos naturales, con la participación activa de los habitantes del área.  Asimismo, trabaja para lograr la seguridad jurídica de territorios indígenas  a través del ordenamiento territorial y la titulación y ampliación de comunidades nativas.  El fortalecimiento del capital social y cultural de las comunidades y sus organizaciones es una prioridad del IBC dentro del área de influencia de sus programas.  La investigación desarrollada en el marco de los programas del IBC se refiere principalmente a las diferentes formas de tenencia y manejo de bienes y espacios comunes en el Perú. 

En la región Pasco, el programa Propachitea trabaja para conservar la biodiversidad acuática de la cuenca del río Pachitea y promover los servicios ambientales que la sostienen.  Entre sus componentes figuran investigación, educación ambiental, mitigación de impactos negativos sobre el ambiente, protección de cabeceras de cuenca y promoción de actividades productivas sostenibles.

El programa Selva Central Norte apunta a la gestión óptima de tres grandes paisajes compuestos por comunidades nativas, reservas para indígenas en aislamiento y áreas naturales protegidas, en las regiones Ucayali y Huánuco.

En la parte noreste de la región Loreto, el programa Ampiyacu Algodón promueve la creación de un conjunto de áreas destinadas a la conservación y uso sostenible de los recursos naturales en las cuencas de los ríos Ampiyacu, Apayacu, Algodón, Yaguas y Putumayu.