El área de Servicios Institucionales se encarga de asesorar y apoyar a los programas del IBC y a sus contrapartes en temas de vinculados a la producción de cartografía, zonificación, sistemas de información SIG, titulación de comunidades nativas y asesoría e incidencia legal. Asimismo, contribuye a generar cambios en políticas públicas en beneficio de los pueblos indígenas de la amazonía y otras poblaciones locales que viven en dicha área. Finalmente, se dedica a la producción y difusión de información sobre pueblos indígenas, sus territorios y su relación con áreas naturales protegidas, recursos forestales, lotes de hidrocarburos y mineros, etc.

Para el logro de tales objetivos Servicios Institucionales está dividido en los siguientes componentes:

• Incidencia y Asesoría Legal
  
• Ordenamiento Territorial
• Sistema de Información de Comunidades nativas (SICNA)
  
• Unidad de Monitoreo
  
• Centro de Documentación